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HERRAMIENTAS
 
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  Inmunología Computacional
  Análisis y Modelado de     Estructuras 3D
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  Búsquedas por Similitud
  Herramientas
 
 Herramientas 
  Análisis de Alineamientos

Herramienta
Descripción
CLUSTALW
Herramienta para el alineamiento múltiple de secuencias
ENDscript 1.0
Interfaz que agrupa siete programas: BLAST; MULTALIN/ CLUSTALW; DSSP; CNS; ESPript; BOBSCRIPT/ MOLSCRIPT; PHYLODENDRON.
ESPript 2.0
Genera un PostScript de secuencias alineadas.
PVS
Servidor que calcula la variabilidad de un alineamiento múltiple usando la Entropía de Shannon y las entropías de Simpson y de Wu-Kabat.
SIAS
Esta herramienta calcula la identidad y similaridad entre un par de sequencias de un alineamiento utilizando diferentes métodos
Seqlogo
Genera logos de secuencias de alineamientos de sequencias de aminoácidos. Los logos de secuencias son herramientas útiles para visualizar patrones en las sequencias y representan una alternativa con más informativa que la secuencia consenso.

  Bases De Datos

Herramienta
Descripción
EPIMHC Database
Base De Datos para búsqueda de péptidos que se unen a moléculas de MHC.
EPIPOX Database
Base De Datos de proteindas de poxvirus.
HLA Database
Base de Datos para la búsqueda de moléculas HLA.

  Inmunología Computacional

Herramienta
Descripción
Antigenic Peptide Prediction
Herramienta para la predicción de antígenos que utiliza el método de Kolaskar and Tongaonkar (1999)
HLAV3D
Herramienta que crea una representación tri-dimensional de la variabilidad en moléculas HLA.
PEPVAC
Herramienta diseñada para facilitar el desarrollo de vacunas multi-epítopo contra organismos patógenos. Esta basada en predicciones del genoma de epitopos MHCI restringidos.
PVS
Servidor que calcula la variabilidad de un alineamiento múltiple usando la Entropía de Shannon y las entropías de Simpson y de Wu-Kabat.
Rankpep
Predice los péptidos de unión a MHC a partir de una proteína, basándose en su similaridad con un conjunto de péptidos cuya unión a una molécula de MHC dada es conocida. La similaridad se mide usando Matrices de Puntuación Específica por Posición (PSSM) obtenidas del alineamiento de péptidos que se sabe que se unen a esa molécula de Histocompatibilidad.
TAPRANK
Servidor que calcula el transporte de epitopos por TAP. También predice las moleculas HLA-I a las que se unen los epitopos.
PCPS
Servidor que predice puntos de corte dentro de una proteína generada por el proteosoma o el inmunoproteasoma utilizando diferentes modelos Ngram.

  Análisis y Modelado de Estructuras 3D

Herramienta
Descripción
ENDscript 1.0
Interfaz que agrupa siete programas: BLAST; MULTALIN/ CLUSTALW; DSSP; CNS; ESPript; BOBSCRIPT/ MOLSCRIPT; PHYLODENDRON.
H2PDB
Servidor que mapea la variabilidad de una sequencia de aminoácidos en una estructura 3D.
MSAT
Identifica los residuos hidrofóbicos en una secuecia de una proteina y los compara con aquellos de secuencias relacionadas.
PVS
Servidor que calcula la variabilidad de un alineamiento múltiple usando la Entropía de Shannon y las entropías de Simpson y de Wu-Kabat.

  Análisis y Manipulación de Secuencias

Herramienta
Descripción
BLAST2FASTA
Programa que convierte el resultado de una búsqueda BLAST a formato Fasta.
EMBOSS
European Molecular Biology Open Software Suite. Conjunto de herramientas para el análisis de secuencias.
E-northern
Extrae datos de expresión de secuencias de proteinas/DNA utilizando la anotación de UniGene EST clusters.
SIAS
Esta herramienta calcula la identidad y similaridad entre un par de sequencias de un alineamiento utilizando diferentes métodos
SMS
Colección de programas para el análisis y el formateo de ADN y secuencias de proteínas.

  Búsquedas por Similitud

Herramienta
Descripción
NCBI-Blast
Proporciona acceso a búsquedas BLAST utilizando Bases de Datos especializadas como por ejemplo IMGT/HLA.
PSI-Blast
Accede a PSI-BLAST en NCBI desde la web del Grupo de ImmunoMedicina.


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